Βάσει της αρχής «ο ρυπαίνων πληρώνει», οι ρυπαίνοντες πρέπει να επωμίζονται το κόστος της ρύπανσης που προκαλούν. Ωστόσο, αυτό δεν ισχύει πάντα στην ΕΕ, όπως αναφέρει σε έκθεση που δημοσίευσε το Ευρωπαϊκό Ελεγκτικό Συνέδριο (ΕΣΣ).
Μολονότι η αρχή αποτυπώνεται εν γένει στις περιβαλλοντικές πολιτικές της ΕΕ, η κάλυψή της είναι ανεπαρκής και η εφαρμογή της ανομοιογενής μεταξύ τομέων και κρατών-μελών. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα ορισμένες φορές οι δράσεις απορρύπανσης να χρηματοδοτούνται με δημόσιο χρήμα και όχι από τους ρυπαίνοντες, όπως επισημαίνει το ΕΣΣ.
Στην ΕΕ εκτιμάται ότι περί τις 3 εκατομμύρια τοποθεσίες έχουν μολυνθεί, ως επί το πλείστον εξαιτίας κάποιας βιομηχανικής δραστηριότητας και της επεξεργασίας και διάθεσης αποβλήτων. Έξι στα δέκα συστήματα επιφανειακών υδάτων, όπως ποταμοί και λίμνες, δεν βρίσκονται σε καλή χημική και οικολογική κατάσταση. Η ατμοσφαιρική ρύπανση, ένας σοβαρός κίνδυνος για την υγεία, βλάπτει επίσης τα οικοσυστήματα. Όλα αυτά συνεπάγονται σημαντικό κόστος για τους πολίτες της ΕΕ. Κατ’ εφαρμογή της αρχής «ο ρυπαίνων πληρώνει», οι ρυπαίνοντες είναι υπεύθυνοι για τη ρύπανση που προκαλούν και πρέπει να καλύπτουν το σχετικό κόστος, όχι οι φορολογούμενοι.